Am Ende des Jahres 1949 wurde mit der Wiederherstellung der Markuskirche begonnen. Zuerst sollte der Turm neu aufgebaut werden, um auch wieder als Wasserreservoir für die Fernheizung zu dienen. Im Jahr 1951 fand zu Erntedank die Weihe der Glocken statt. Die Glocken hatten den Bombenangriff unbeschadet überstanden. In einem Beitrag des Gemeindeblattes heißt es dazu: "… unser ganzes Gotteshaus ging in jener Bombennacht des 23. August 1943 in Flammen auf. Wieder war der Turm stumm. Seine Glocken schwiegen … So kam dann der Tag ungefähr vor zwei Jahren, die Kirche zu enttrümmern. Und mitten in dieser Arbeit ließ es unserem verdienten Kirchenältesten Schönfisch keine Ruhe mehr: Was ist mit unseren Glocken? Er ist dann selbst oben gewesen und konnte die Antwort geben: Sie hängen noch."
Die Kirche wurde in fünf Bauabschnitten in vereinfacher Form wiederaufgebaut. Das Äußere der Kirche wurde nicht verändert, sondern blieb in seiner ursprünglichen schlichten Bauweise erhalten. Das Portal von August Rhades war unversehrt geblieben.
Am 6. März 1953 wurde der Freundeskreis der Markuskirche in Steglitz e. V. gegründet. Zweck des Freundeskreises war, den Wiederaufbau der Markuskirche zu fördern. Dieser kostete 460.000 DM, hiervon hat der Freudeskreis 150.000 DM allein durch Spenden aufgebracht.[1]
1953 konnte das Richtfest gefeiert werden und ein Jahr später fand der erste Gottesdienst in der Markuskirche statt. Die Innenausstattung war karg und die Emporen wurden nicht wieder eingezogen. Das Kircheninnere entsprach dem damaligen Zeitgeschmack.
Die Arbeiten waren 1957 abgeschlossen und die Kirche wurde mit einem Dankgottesdienst an Jubilate eingeweiht. Die Predigt hielt der damalige Bischof von Berlin-Brandenburg, Otto Dibelius. Der gesamte Wiederaufbau der Kirche dauerte fast 10 Jahre.
Erst im Jahr 1963 wurde die große Orgel der Firma Weigle, Stuttgart, eingebaut.